L'agrément est un dossier scientifique que tout organisme privé désireux de figurer sur la liste des organismes agréés CIR doit soumettre au Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation (MESRI). Celui-ci permet au donneur d'ordre de retenir les dépenses qu'il a engagées avec la société agréée dans l'assiette de ses dépenses éligibles au dispositif du Crédit Impôt Recherche. Il offre par exemple à un donneur d'ordre la possibilité de sous-traiter une étude au sein d'un laboratoire privé. Si ce laboratoire est agréé CIR, les dépenses engagées restent dans le périmètre des dépenses éligibles donnant lieu à la réduction d'impôt. L'agrément a donc un impact significatif ! Pour les dépenses d'innovation, il existe également un agrément CII, relativement méconnu. Il peut être obtenu conjointement ou distinctement de l'agrément CIR.