Pour le donneur d'ordre, il n'est pas possible de comptabiliser plus de trois fois la somme des autres dépenses éligibles. Cela peut poser problème aux jeunes sociétés dont les fondateurs ne se rémunèrent pas encore. Ces dernières peuvent malheureusement se trouver dans l'impossibilité de retenir des dépenses d'organismes agréés CIR faute d'autres dépenses éligibles... Pour le prestataire agréé souhaitant obtenir lui aussi le CIR, il y a obligation de déduire les dépenses éligibles au CIR liées aux projets retenus par ses clients dans leur propre CIR.